در سال 1357 شمسی (2537 شاهنشاهی) طرح جامع دانشگاه توسط مهندسین مشاور توسعه و عمران تهیه گردید. در سال 1372 این طرح مورد بازنگری قرار گرفت و در قالب 4 برنامه پنجساله (از 1372 تا 1392) تدوین شد. با تصویب سیاستهای کلی نظام در بخش آموزش عالی و سند چشمانداز ایران در 1404 لزوم بازنگری در برنامههای دانشگاه جهت هماهنگی، پیوستگی و انسجام با اهداف نظام مندرج در اسناد فوق احساس گردید. به منظور پاسخگویی به این نیاز تنظیم برنامهی چهارم در دستور کار قرار گرفته و در سال 1387 این برنامه توسط همکاران دانشگاهی تهیه و تدوین گردید.
در سال 1391 همزمان با نزدیک شدن به پایان برنامهی چهارم، تنظیم برنامهی پنجم و سند چشمانداز دانشگاه در افق 1404، در بند اول اولین صورت جلسهی سال 91 مورخ 1391/1/19 هیأت رئیسه وقت مورد تایید قرار گرفت. مدیر محترم طرح، جناب آقای دکتر نیلی ثانی، بر اساس مراحل ششگانهی زیر سند راهبردی دانشگاه در افق 1404 و همینطور برنامه عملیاتی معاونتها و دانشکدههای دانشگاه را تدوین نمودند:
• مرحلهی اول: تعیین شیوهی برنامهریزی، الگوی مورد استفاده و اسناد بالادستی.
• مرحلهی دوم: ارزیابی عملکرد حوزههای مختلف دانشگاه (آموزشی، پژوهشی، اداری و مالی، دانشجویی و مدیریت) طی برنامهی چهارم.
• مرحلهی سوم: تدوین ارزشهای محوری، بیانیهی ماموریت و رسالتهای دانشگاه.
• مرحلهی چهارم: تعیین و تحلیل عوامل داخلی (نقاط ضعف و قوت) و تعیین و تحلیل عوامل خارجی (فرصتها و تهدیدها).
• مرحلهی پنجم: تعیین راهبردهای کلان.
• مرحلهی ششم: تعیین راهبردهای وظیفهای، برخی اقدامات و راهکارهای اجرایی و شاخصهای عملکردی.
متن تکمیل شده سند راهبردی در خرداد ماه 1392، توسط آقای دکتر نیلی ثانی آماده و برای هیأت رئیسه وقت ارسال گردید. در پی آن در جلسه 1392/3/11 هیأت رئیسه با محتوای سند موافقت کرد. این سند در 1392/12/8 بعنوان پنجمین دستور صورتجلسه اولین نشست عادی هیأت امنای دانشگاهها و مؤسسات آموزش عالی استان خراسان جنوبی مطرح و بصورت اصولی با آن موافقت شد. در نهایت برنامه عملیاتی حوزه های عملکردی دانشگاه نیز به این سند اضافه و در تاریخ 1395/9/16 جهت اجرا به معاونتها و مدیریت های دانشگاه ابلاغ گردید.
با نزدیک شدن به پایان برنامه پنجم، و لزوم بازنگری سند راهبردی دانشگاه، طرح پژوهشی با عنوان “بازنگری در سند راهبردی دانشگاه و تدوین برنامه پنجسالۀ ششم (1398-1402)” جهت انجام توسط اعضای هیأت علمی دانشگاه بیرجند در دو نوبت (در تاریخهای 1396/6/26 و 1396/8/22) به فراخوان گذاشته شد. در نهایت، طرح حاضر در جلسه شورای پژوهشی دانشگاه و جلسۀ هیأت رئیسه (مورخ …) مطرح و مورد موافقت قرار گرفت.